Kubilay gençlik yıllarında Çince öğrenmişti ve Çin kültürüne büyük merak duymaktaydı. 1251'de Moğol hükümdarlığına seçilmiş olan kardeşi Mengü, Kubilay’ı Doğu ülkelerini, Hulagü’yü de Batıdaki ülkeleri almaya göndermişti. Güney bölgelerinde (Çin) valilik yaptığı sırada adil yönetimi ile dikkatleri topladı.

Kubilay önce büyük bir ordu ile Xi'an’ı aldı. Zorlu savaşlarla büyük Çin eyaletlerini hükümdarlığına kattı. 1258'de Yunnan ve Sichuan bölgelerine sefere çıktı. 1259’da seferde iken Mengü'nün öldüğü haberini aldı. Ancak Kubilay geri dönmeden Wuhan'daki kuşatmasına devam etti. Bu arada kardeşi Arıkböke'nin yönetimi ele geçirmeye çalıştığını öğrenince Song Hanedanlığı ile barış imzalayıp ordusunu Moğolistan'a çevirdi. 1260 yılında Kubilay ve kardeşi kendilerini Han ilan ettiler. İki kardeşin 3 yıl süren mücadelesi Kubilay'ın üstünlüğü ile sona erdi. Ancak bu iç karışıklıklardan yararlanan Yizhou valisi Li Moğol egemenliğine karşı isyan etti. Kubilay bu isyanı kolayca bastırdı, ancak bu onda Han Çinlilere karşı derin bir güvensizlik yarattı. İmparator olduktan sonra yönetimde Han Çinliler'ine yer vermedi, buna karşılık danışmanları arasında pek çok azınlık temsilcisi ve yabancılar bulunmaktaydı.

Kubilay Han, Çin’de Yuan Hanedanlığı'nı kurarak 1271 ile 1294 yılları arasında hükümdarlık yaptı. Hanedanlığın başkenti Pekin idi. 1279 yılında Song Hanedanlığı'na kesin olarak son vererek Çin’i tekrar birleştirdi. Kubilay’ın devletinin hudutları, Çin dışında Kıpçak, Çağatay, Almalık, İran ve kuzeyde Polonya hudutlarına kadar yayılıyordu. Kubilay Han, Japonya’ya ve Vietnam’a yaptığı akınlarda başarılı olamadı. Burma’da büyük bir zafer kazandı.

Kubilay Han Çin'de Büyük Kanal inşaatına devam etti; birçok kamu binasını tamir ettirdi. Çin'de ilk defa kağıt para kullanımını başlattı. Çin sanatının gelişmesini destekledi. Ancak kimi yönlerden Moğol yaşam tarzını Çin'de uygulamaya diretmesi, buradaki kültürel ve sosyal yaşamda bir takım çatışmalara yol açtı.

Kubilay döneminde Çin'in pek çok Avrupalı ziyaret etti. Bunların arasında en ünlüsü Marko Polo'dur. Marko Polo, bu büyük imparatorun sarayı, oradaki hayat, eğlenceler ve vergi sistemi hakkında ilgi çekici bilgiler vermektedir.

Kubilay Han, 1294'te 78 yaşında iken öldü.